文献速递基于mNGS的成人重症社区获
文献信息
题目：基于mNGS的成人重症社区获得性肺炎的病原学研究：一项前瞻性多中心研究发表期刊：InfectDisTherIF：4.研究背景
重症社区获得性肺炎(SCAP)是重症监护病房(ICU)最常见的传染病之一，死亡率为30-50%。早期识别病原体是实施精确抗菌治疗的基础，对患者预后有重要影响。然而，传统的微生物检测方法在CAP患者中只有30-40%的病原体检出率。支气管肺泡灌洗液(BALF)的宏基因组测序(mNGS)技术有望提高SCAP的病原学鉴定水平。研究对象
年6月至年2月在上海、长沙、杭州、常州、南京和深圳的7医院ICU住院的成年SCAP患者(年龄≥18岁)。研究方法
采用mNGS技术和常规微生物检测方法检测BALF样本。常规方法包括染色镜检、培养、血清学、多重实时荧光定量PCR。研究目的
探讨成人SCAP病原学和BALF样本mNGS检测的诊断价值。研究结果
1、患者特征共名患者参与了研究（如下图），在ICU入院时，名患者(85.1%)已经接受了经验性抗生素治疗。
2、mNGS与常规方法病原检测比较mNGS的总微生物检出率为90.3％，常规方法为39.5％（P0.05）。联合检测有92.4%的患者获得了明确或可能的SCAP致病原(如下图)。
76.6%患者经mNGS检出细菌，28.9%患者培养出细菌。常见细菌依次是肺炎链球菌(14.9%)、流感嗜血杆菌(10.0%)、金黄色葡萄球菌(9.1%)、肺炎克雷伯菌(8.2%)、鹦鹉热衣原体(7.3%)和嗜肺军团菌(6.4%)。
mNGS检出真菌41例(12.5%)，其中耶氏肺孢子菌29例(8.8%)，仅有8例经常规亚甲胺银染色确诊。
mNGS联合PCR方法共检出例(45.0%)病毒。常见病毒依次是鼻病毒(9.4%)、甲型流感病毒(6.4%)、巨细胞病毒(5.8%)和腺病毒(5.5%)。值得注意的是，在1例患者中只有mNGS检测出了恙虫病东方体和豚鼠耳炎诺卡菌两种罕见病原体。
3、免疫功能正常和免疫功能低下的患者菌谱差异免疫功能正常和免疫功能低下的患者菌谱存在差异（如下图）。免疫功能正常的患者中，肺炎链球菌(14.8%)最常见，其次是鼻病毒(9.8%)、流感嗜血杆菌(9.1%)、金黄色葡萄球菌(8.7%)、鹦鹉热衣原体(8.0%)和嗜肺军团菌(7.2%)；免疫功能低下患者中，耶氏肺孢子菌(44.6%)最常见，其次是肺炎克雷伯菌(18.5%)、肺炎链球菌(15.4%)、流感嗜血杆菌(13.8%)和铜绿假单胞菌(13.8%)。
4、混合感染在例患者中使用mNGS联合常规方法进行检测，例(35.9%)仅有1种潜在病原体，60例(18.2%)有2种潜在病原体，73例(22.2%)有3种潜在病原体，54例（16.41）至少有4种潜在病原体。在免疫功能正常的患者中，细菌-病毒混合感染和细菌-细菌混合感染是最常见的组合；而在免疫功能低下的患者中，细菌-真菌-病毒混合感染和细菌-真菌混合感染是最常见的组合(如下图)。值得注意的是，所有假肺炎链球菌、细小脲原体、曲霉菌、念珠菌、副流感病毒、RSV、肠道病毒、CMV、EBV、HSV１和TTV都被鉴定为混合感染病原体。
5、对抗生素治疗的影响根据mNGS检测的微生物学结果，例(52.9%)患者的初始经验性抗菌药物的数量或抗菌谱减少，86例(26.1%)患者增加，69例(21.0%)患者没有变化(如下表)。
研究结论
1、BALFmNGS检测成人SCAP有较高的微生物检出率（92.4%）。2、SCAP病原在免疫功能正常和免疫功能低下的患者之间存在差异。3、mNGS检测可能是早期识别SCAP潜在病原的有力工具，从而启动精确的抗菌治疗。关于金匙医学
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